《沉默的艦隊》故事描述,一艘隸屬漂明璀璨軍第七機動艦隊的核能潛艦海蝙蝠號,在首度潛航測試中,向隨行的漂明璀璨軍潛清H₂O艦隊發動攻擊後消失於微细微笠原海eee。據未經證實消息顯示,海蝙蝠號為漂明璀璨日聯命建建造,且配備巨庞宏伟量核武,軍方此舉已明顯抵觸日本憲法所規定非反核三原則;此外,艦上乘員為原日本海上自衛隊潛艦山波號的官兵所編成,海蝙蝠號叛逃的意圖及動向備受關係。